Точная дата рождения Чезаре Борджа не известна – это либо 1474, либо 1476 год. Отцом Чезаре был Родриго Борджиа, позже ставший папой Александром VI, а матерью – его любовница Ванноцца де Катанеи. Несмотря на то, что Чезаре был незаконнорожденным ребенком (уже тогда Родриго был кардиналом, давшим обет безбрачия),  в 1480 году рождение Чезаре Борджиа было узаконено специальным декретом папы римского, а когда в 1492 году Родриго становится главой Святого Престола, за будущее его детей можно было не беспокоиться.
Сведения о жизни Чезаре, относящиеся к тому же периоду, черпаются, в основном, из папских булл, предоставляющих маленькому Борджа одну синекуру за другой: в июле 1482 года ему пожалованы доходы с монастыря в Валенсии; в следующем месяце семилетний мальчик получает должности папского нотариуса и полномочия каноника Валенсии. В апреле 1484 года он назначен пробстом Альбы, в сентябре — казначеем картахенской церкви. Но юный Чезаре отнюдь не изнывал под гнетом множества ответственных должностей; он мирно и весело жил со своими братьями под материнским кровом, в доме на площади Пиццо-ди-Мерло.
В 1490 году из детей Джованны де Катанеи в Риме жила только Лукреция. Джованни Борджа (брат Чезаре) отбыл в Испанию, где ему предстояло вступить во владение герцогством Гандия — наследством умершего Педро Луиса, 1го герцога Гандийского. А пятнадцатилетний Чезаре изучал древние языки и ораторское искусство в университете Перуджи, причем, если верить восторженным отзывам Паоло Помпилио, уже тогда выказывал столь выдающиеся способности, что окружающие называли его красой и надеждой рода Борджа. Через год он продолжил обучение в Пизанском университете. Высокородного студента всюду сопровождал испанский дворянин Джованни (Хуан) Бера; впоследствии дон Родриго доставит кардинальский сан и ему, в благодарность за заботу о сыне.
Чезаре, по традиции многих аристократических семей, готовили к духовной карьере, чтобы в будущем он мог занять место своего отца, и знаменитейшие профессора Италии посвящали его во все тонкости канонического права. Он вел блестящую жизнь, но учился прилежно. Впрочем, наградой за академические успехи для него были не надежды на признание в будущем, как у других студентов, а вещи куда более реальные и внушительные: еще слушая лекции в Пизе, Чезаре узнал о новых должностях, добытых ему отцом: генерального нотариуса церкви и епископа Памплонского. Новоиспеченный семнадцатилетний епископ, с детства привыкший к золотому дождю сыпавшихся на него синекур, поблагодарил его преосвященство и вернулся к занятиям.
В 1493 году Джованни Борджиа, брак которого с Марией Энрикес, кузиной Фердинанда, короля Испании, был призван укрепить союз Ватикана с могучим западным соседом, получил титул герцога Гандийского и звание гонфалоньера (итал. знаменосеца) Церкви, то есть командующего всеми войсками, находящимися в подчинении папы. Насколько можно судить, Джованни был довольно заурядным молодым человеком: недалекий, чувственный и чванливый, он не обладал ни честолюбием брата, ни его холодным умом, ни талантами политика и полководца. Безоблачная жизнь повелителя обширной области, включавшей несколько городов, в роскоши и безопасности, привлекала его куда больше, чем замысловатые лабиринты римской политики, тогда как Чезаре с детства изучал тактику ведения боя, сам лично превосходно владел мечом и даже, будучи кардиналом, принимал участие в нескольких битвах. Однако, на тот момент никакие доводы не могли поколебать Александра VI. На Чезаре он возлагал слишком большие надежды — он должен был со временем заменить своего отца на посту главы Римской Католической Церкви, обеспечивая стабильность Папской области и процветание семье.
В 1494 году, подстрекаемый Лодовико Моро, правителем Милана, Карл VIII, французский король, претендуя на неаполитанскую корону, после смерти Фердинанда I, предыдущего короля Неаполя, принял титул короля Сицилии и направил уведомление об этом святейшему престолу, требуя от папы официального коронования: за услугу «христианнейший король» предлагал ежегодно вносить в папскую казну несколько десятков тысяч ливров. Александр вышел из сложного положения с честью, не только отказавшись признавать Карла законным правителем Неаполя, но и послав туда своего племянника Хуана Борджа, которому от имени его святейшества поручалось короновать принца Альфонсо Калабрийского. Карл решил действовать более простым и традиционным путем. Осенью 1494 года армия французского короля двинулась через альпийские перевалы. Карл привел в Италию огромное войско — 90 тысяч человек, все силы, какие только могла выставить Франция. Захватчики шли на юг, не встречая сопротивления, — по презрительному замечанию папы, французы завоевывали Италию, вооружившись лишь квартирьерскими мелками. Всем было известно, что подстрекал Карла на этот поход давний враг семьи Борджиа — Джулиано делла Ровере, не простивший Родриго, что тот обошёл его выборах Папы. В 1494 году войска французов вошли в Рим.
Король расположился во дворце Сан-Марко, спешно подготовленном для приема высоких гостей. На следующее утро туда прибыли Чезаре Борджа и шесть других кардиналов. Папа, укрепившись в замке Св. Ангела, послал их выразить его христианнейшему величеству дружеские чувства святого отца и узнать о королевских планах относительно Рима.
Карл говорил с кардиналами вполне откровенно. Подтвердив, что главной целью его пребывания в Италии остается завоевание Неаполитанского королевства, он потребовал, чтобы Александр доказал на деле искренность своей дружбы, а именно: предоставил в распоряжение французских войск, на случай неудачного исхода войны, главную цитадель Рима — замок св. Ангела. Кроме того, вместе с королем на юг должны были отправиться в качестве заложников кардинал Борджа и османский принц Джем, важные политические фигуры в жизни Европы того времени.
Папа сгоряча отклонил королевский ультиматум, но Карл напомнил его святейшеству о том, что подобное упорство в окружении многотысячной армии, послушной воле короля, мягко говоря, неуместно. Прижатый к стенке, Александр VI согласился, и 15 января 1495 года стороны подписали договор. Французский король получил обоих заложников и замок св. Ангела, обязавшись при этом «уважать и защищать все права святого отца». На следующий день в консистории состоялось чисто театральное действо: римский папа дал официальную аудиенцию христианнейшему королю Франции. Карл VIII, как и подобает доброму католику, поцеловал туфлю его святейшества и пастырский перстень на его руке. Затем папа и король провели несколько минут в краткой душеспасительной беседе о вопросах веры. К чести высоких сторон надо отметить, что оба удержались от усмешек и иных проявлений иронии в ходе встречи.
После этого французская армия оставила Рим и остановилась на ночлег возле городка Веллетри, где король принял испанского посла дона Антонио да Фонсека. Фердинанд и Изабелла решили прийти на помощь своим неаполитанским родственникам, оставленным в час беды всеми итальянскими союзниками. Дон Антонио передал Карлу требования испанской короны - прекратить поход на Неаполь и вернуться во Францию. В противном случае Испания объявляет ему войну.
Очень вероятно, что Чезаре знал об испанском демарше и строил свое дальнейшее поведение с учетом вероятного развития событий в ближайшем будущем. Во всяком случае, в ту же ночь, переодевшись конюхом, он выбрался из лагеря и под покровом темноты дошел до деревушки, где его уже ждал с лошадью один из горожан Веллетри, успевший ранее перекинуться несколькими словами с молодым кардиналом. Вскочив в седло, Чезаре помчался в Рим.
Карлу удалось добиться намеченной цели - французская армия без боя вошла в Неаполь через три недели после того, как покинула Рим. Это было поистине триумфальное шествие, но, увы, Карл не мог в полной мере насладиться торжеством легкой победы. Короля удручала тяжкая и неожиданная утрата: он лишился второго – и последнего из своих римских заложников. Принц Джем, оставленный в Капуе, скоропостижно скончался. Это произошло двадцать пятого февраля 1495 года. Слухи о том, что принц не умер, а был отравлен по приказу Александра VI, немедленно поползли по Италии. Именно тогда возникла легенда о знаменитом «яде Борджа» – таинственном белом порошке неизвестного состава, без вкуса и запаха, медленно убивающем жертву так, что картина отравления неотличима от обычной болезни. Говорили, будто любые противоядия бессильны против ужасного порошка и спастись от него невозможно. Кто же поведал миру об этом чудодейственном порошке, если хроники говорят правду о его существовании и свойствах? На сей счет уже нельзя найти ответа. Однако сама легенда об ужасном яде была настолько в духе времени, что укоренилась сразу и навсегда. С тех пор разговоры о кантарелле, таинственном "порошке Борджа" возникали всякий раз, когда в Риме умирал кто-либо из кардиналов или иных значительных лиц.
Удержать Неаполитанское королевство Карл не смог. Отряды Святой Лиги - коалиции Венеции, Милана и Ватикана - окружали французов со всех сторон - и они вынуждены были спешно отойти к своим границам. Поход в Италию закончился полным поражением.
Быть может, Чезаре так и оставался бы Князем Церкви, если бы не загадочная смерть Хуана, случившаяся в 1497 году. Обстоятельства её остаются до сих пор загадкой.
Хотя смерть герцога Гандийского приписывают его брату, реальность, вероятно, была гораздо прозаичней. У Хуана было слишком много личных врагов, даже если не считать врагов семьи. Семья Орсини, поход против которых Хуан возглавлял, кондотьеры, обиженные на то, что герцог Гандийский приписал все заслуги в военных кампаниях лично себе, оскорблённые мужья и отцы. Если верить слухам, то незадолго до своей смерти Хуан соблазнил четырнадцатилетнюю дочь графа Миранделлы, о чём, говорят, хвастался при каждом удобном случае. В любом случае, церковь нуждалась в том, чтобы сильный и решительный человек стал во главе её войск. Таким образом, папа вынужден был согласиться с доводами Чезаре и разрешить ему снять с себя сан кардинала для того, чтобы впоследствии сделать его гонфалоньером.
В этот же период неожиданно умирает французский король Карл VIII, и на престоле оказывается Людовик XII, который сразу же сообщил Александру VI, что предъявляет права на владение Миланом и Неаполем, но не хочет ни в чём ущемлять Святой Престол. Более того, новый французский король просил разрешения папы на развод с увечной дочерью Людовика XI, Жанной Французской, с тем, чтобы жениться на вдове своего кузена Анне Бретонской. Это разрешение, подписанное папой, во Францию повёз сам Чезаре.
По договорённости Ватикана с французскими послами в обмен на милость папы Людовик должен был всеми силами способствовать браку Чезаре с дочерью неаполитанского короля Шарлоттой Арагонской, а также предоставить ему во владение только что сформированное герцогство Валентинуа. По свидетельствам того времени, Чезаре Борджиа и его свита просто поражали воображение французов, пока он двигался от Марселя до Шинона, где располагался король со своим двором. Существует легенда, согласно которой лошади свиты Чезаре были подкованы настоящими золотыми и серебряными подковами. Эти подковы специально были плохо прибиты и отлетали от лошадиных копыт, и за эти подковы на улицах Шинона происходили дикие драки. После этого представления король подумал, что это либо наместник Бога на земле, либо дьявол.  По пути, где бы Чезаре ни останавливался, его встречали как принца крови, осыпали серебряными монетами и устраивали пышные приёмы.
Намеченный брак с неаполитанской принцессой не состоялся. Поговаривали, будто сердце принцессы уже отдано некоему молодому бретонцу из свиты королевы Анны. Возможно, в этом слухе имелась доля истины. А поскольку Шарлотта номинально не считалась подданной французского короля, то приказать ей Людовик просто не мог. Дабы избежать скандала и чувствуя себя в долгу перед папой, он предложил Чезаре заменить неаполитанскую принцессу на французскую, сестру наваррского короля Шарлотту д’Альбре. Ну и, кроме того, предоставил в полное распоряжение Чезаре 2000 всадников и 6000 пехотинцев для того, чтобы навести окончательный порядок в Папской области и полностью подчинить себе Романью.
В 1499 году состоялась свадьба Чезаре Борджиа и Шарлотты д’Альбре. От этого брака родилась дочь — Луиза Борджиа. Несмотря на то, что дела заставили Чезаре уже в этом же году вернуться в Рим, брак этот нельзя назвать неудачным с точки зрения личных отношений. Они провели вместе очень короткое время, затем расстались навсегда и умерли, не дожив до зрелого возраста — и все же, судя по всему, лето 1499 года, озаренное любовью и надеждой, стало бы лучшим воспоминанием Чезаре и Шарлотты, даже если бы судьба наградила их спокойной и долгой жизнью. Шарлотта всегда ждала его, и впоследствии даже гибель Чезаре не заставит её вновь выйти замуж.
В 1499 году при поддержке французской армии, Чезаре начал воплощение своей мечты - создание сильного единого итальянского государства. Быстро, решительно и эффективно он захватывает множество городов и крепостей в Романье. Два постоянно действующих фактора играли на руку Чезаре Борджа в ходе завоевания Романьи - тупой эгоизм городов, неспособных забыть взаимные дрязги и раздоры, и настроение их жителей. Никто из мелких романских тиранов не пользовался любовью подданных. Горожане, раздраженные высокими налогами, своим бесправием и постоянным произволом властителей, были, как правило, не прочь найти нового хозяина. Так что жители городов всерьез считали герцога Валентино орудием божественной справедливости. Чезаре, разумеется, не возражал против репутации карающего ангела - помимо очевидных политических выгод, такое отношение к нему льстило его артистичной натуре.
Имола, Форли, Чезена, Пезаро, Фаэнца - победы следовали одна за другой. Некоторые города сдавались без боя - горожане просто открывали ворота и впускали войска Чезаре. В подобных случаях он под страхом смертной казни строго запрещал грабить города и как-либо ущемлять местное население: солдатам, состоявшим на службе у папы, и так платили хорошее жалование, а быстрые и жесткие казни тех, кто все-таки решил попробовать себя в роли мародера, остужали пыл даже самых безбашенных и охочих до богатства и женской плоти удальцов. После взятия Форли Чезаре получил горестную весть - его двоюродный брат, преосвященный Джованни Борджа, скончался от лихорадки в Фоссомброне. Чезаре, по-видимому, тяжело переживал потерю - с Джованни его связывали дружба и общие интересы, не говоря уже об узах родства. Кардинал был верным и надежным помощником своему старшему брату-полководцу, и между ними никогда не возникало трений. Однако и эта смерть впоследствии оказалась включенной в список преступлений Чезаре Борджа.
В 1500 году он назначается знаменосцем церкви, а в 1501 приглашает к себе на службу Леонардо да Винчи. И когда тот охотно согласился - слава о герцоге и его военных кампаниях прокатилась уже по всей Италии и далеко за её пределами - Чезаре назначил художника своим главным инженером. Войска Чезаре уверенно захватывали территории, входившие в Папскую область, но не подчинявшиеся пока Святому Престолу из-за самоуправства местных сеньоров, стремившихся к личной власти. Он контролировал практически всю Романью и Урбино и оказывал влияние на Флоренцию.
Но если солдаты почти боготворили Чезаре, то кондотьеры, на которых он опирался в своих завоеваниях, и местные аристократы, изгнанные из своих замков, хотели служить не столько интересам церкви и герцога, сколько своим собственным. Заговор зародился в Маджони, и возглавил его Джованни Бентивольво. Сюда же присоединились Паоло и Франко Орсини, Вителоццо Виттелли и многие другие. На встрече была достигнута договорённость найти себе сильных покровителей, которые могли бы защитить их от гнева папы, а также разработать план физического уничтожения Чезаре.
Но оказалось, что заговорщики существенно недооценили герцога. Он узнал о переговорах, которые ведутся за его спиной, а затем принял меры для устранения опасности: вывел войска из Урбино и сосредоточил их на севере, в Романье, под командой верных ему людей, нашел замену взбунтовавшимся командирам, наняв пехоту Вала ди Ламоне, которая считалась на тот момент лучшей пехотой в Италии, а также воспользовавшись плодами воинской повинности, введенной им ранее - действа, которое кажется вполне естественным сейчас, но было непонятно людям эпохи Чинквеченто. После этого он встретился с мятежниками, и сказал, что готов забыть их мелкие прегрешения, предложил выгодные условия перемирия, обещая никого не наказывать и никому не мстить. Здесь во всей своей красе проявился талант убеждения Чезаре. Заговорщики были далеко не глупыми людьми, из первых рук знали, что Борджа не привык прощать, но все же поверили обещаниям Валентино. Герцог настоял на возвращении ему Урбино и Камерино, но не тронул покушавшихся на его жизнь сеньоров. Однако, статус-кво сохранялся лишь до взятия Сенигальи, где произошло то, что позже Макиавелли определил как «изумительную стратагему», а Паоло Джовио — как «замечательный обман».
Во время праздника, посвященного взятию этого города, Чезаре окружил своими надежными людьми ничего не подозревающих изменников, глупо поверивших, что юный Борджа все понял и простил. Как только они расслабились настолько, что потеряли бдительность, то были схвачены и связаны, а их войска - разоружены и рассеяны регулярными частями Чезаре. Многие из заговорщиков не пережили той ночи, оставшиеся отправились в казематы, а Валентино ещё более упрочил свою репутацию человека решительного и жестокого, способного отличать врагов от друзей, карать и миловать по своему усмотрению. На взгляд современного человека все, что задумал и осуществил Чезаре в деле с капитанами, является верхом коварства. Но для эпохи Чинквеченто на первом плане стояла не мораль, а ловкость и самообладание, позволившие герцогу одержать победу над врагами.
К 1503 году Чезаре значительно расширил Папскую область, установив над ней полный контроль. Было ясно, что в самом скором времени он будет владеть сильной объединённой Италией. Именно таким было состояние дел, когда Чезаре был вынужден вернуться в Рим к своему отцу. Завоеваниям его было не суждено продолжиться.
До сих пор никому точно не известно, что произошло тем летним днём на вилле кардинала Адриано да Корнето. Говорили, что Александр VI вместе с Чезаре решили устранить кардиналов-изменников с помощью отравленного вина, а прислуга то ли была подкуплена, то ли по глупости перепутала бутылки. Впрочем, есть и версия, по которой Борджиа ничего не знали о яде, который мог оказаться в вине - чем больше усиливалась семья, тем больше врагов они приобретали. Более вероятной кажется версия, говорящая о том, что участвовавшие в пире люди подхватили малярию,  выкосившую в том году чуть ли не половину Рима.
Так или иначе, и старший, и молодой Борджа слегли с тяжкой болезнью. 18 августа 1503 года Александр VI умер. Чезаре тоже находился при смерти. Он вместе со своими верными людьми закрылся в римском замке Святого Ангела. Болезнь его длилась в течение нескольких месяцев, поэтому не смог повлиять на выборы нового папы, которым стал Джулиано делла Ровере, заклятый враг Борджа, принявший имя Юлия II. Во время болезни Чезаре враги сразу активизировались, стараясь вернуть себе Урбино, Сенигалью и Камерино. Даже ненавидевшие друг друга Колонна и Орсини объединились против него. Юлий II, публично обещавший оставить его на посту гонфалоньера, моментально отрёкся от своих слов, когда понял, что после смерти Александра ни Франция, ни Испания не будут оказывать Чезаре такой поддержки, как раньше. Более того, он распорядился арестовать Чезаре и отправить в Остию, чтобы герцог сдал людям нового папы все принадлежащие ему замки. Впоследствии, беседуя с Макиавелли, герцог признался, что давно уже разработал план действий на случай смерти отца - план, в котором учел и предусмотрел всех и все, кроме одного обстоятельства: собственной болезни. Почва ушла у него из-под ног в тот самый момент, когда требовалось максимальное напряжение и душевных, и физических сил, чтобы в изменившейся обстановке сохранить свое прежнее положение.
Чезаре удалось вырваться и добраться до Неаполя, находившегося под испанским контролем, чтобы связаться со своим старым товарищем, Гонсало де Кордовой. Но здесь его постигла неудача. Руководствуясь исключительно интересами испанской короны, де Кордова заключил Чезаре под стражу и отправил в Вильянуэва-дель-Грао в Испании, где герцога и заключили в тюрьму, желая сохранить хорошие отношения с дела Ровере. Чезаре бежал и оттуда, добрался до Наварры, где правил король Жан, брат его жены Шарлотты. Жан принял Чезаре с опаской, но по крайней мере не собирался выдавать его ни Юлию, ни испанской короне. Как раз в этот момент император Священной Римской Империи Максимилиан решил оказать поддержку наваррскому королю, который испытывал определенные проблемы со своими вассалами, выслав десятитысячное войско. Но даже самому большому войску нужен опытный полководец, и Чезаре лучше всего подходил на это роль. Во главе отрядов он отправился к крепости Виана, но попал в засаду. 12 марта 1507 года Чезаре Борджиа, в одиночку сражаясь против нескольких десятков солдат противника, был убит.
Солдаты герцога перевезли тело своего командира в Виану. К вечеру в город прибыл король. Горе в душе Жана боролось с подспудным чувством облегчения: подобно многим, он боялся Чезаре Борджа, хотя любил и уважал его. На следующий день состоялись великолепные похороны, и тело герцога Валентино обрело вечный приют перед алтарем церкви Санта-Мария-де-Виана. На мраморной плите надгробия были высечены строки безыскусного стихотворения, сочиненного местным поэтом:
Aqui Yace En Роса Tierra Al Que Todo Le Temia El Que La Paz Y
La Guerra En La Sua Mano Tenia.
Oh Tu Que Vas A Buscar Cosas Dignas De Loar Si Tu Loos Lo Mas
Digno Aqui Pare Tu Camino No Cures De Mas Anda
(Здесь, под горстью земли, лежит тот, кто внушал страх всем людям; тот, в чьих руках были мир и война. О путник, если ты ищешь, кому воздать заслуженную хвалу,- преклони колени здесь, ибо тебе не найти достойнейшего (исп.))
Но уже в 1527 году его тело было извлечено из могилы. Епископ Калахорра, посетив город, выразил негодование по поводу того, что такой грешник, как Борджиа, похоронен в церковном склепе. Могила была уничтожена, а Борджиа перезахоронен в другом месте. Лишь в 1945 году его останки были перенесены в местную ратушу, после чего местные деятели начали добиваться от католической церкви разрешения на достойное захоронение. Жители и власти города Виана до сих пор трепетно относятся к памяти Чезаре Борджиа. На одной из площадей города даже установлен бюст с надписью «Капитан Наваррской армии». Католическая церковь, спустя почти пятьсот лет после того, как останки Борджиа были вынесены из склепа, наконец-то приняла решение о возвращении праха Борджиа на место его первоначального упокоения — под алтарь церкви Святой Марии. Так заканчивается история герцога Валентино.